坚持独立自主自办，是基于我国曾经长期遭受帝国主义侵略和掠夺、有的宗教被帝国主义控制和利用的历史事实，是我国信教群众的自主选择，是我国各宗教处理对外关系的一条重要原则，是宗教事业健康发展的保证。
我国宪法明确规定，我国的“宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配”。为了有针对性地加强抵御境外敌对势力利用宗教对我国进行渗透的工作，党的十六大报告首次加上了“坚持独立自主自办的原则”。我国不干涉别国的宗教事务，也不允许别国干涉中国的宗教事务，我们在独立自主、和平友好、互相尊重的基础上，积极发展同世界各国宗教界的友好往来。我国天主教、基督教实行独立自主自办教会和“三自”（自治、自养、自传）的方针，不受外国势力的支配和干预，这是我们总结长期历史经验得出的基本结论。在新的历史条件下，我们仍然要毫不动摇地坚持这一方针。
坚持独立自主自办的原则的主要内容是：中国教会不依附任何外国组织和势力，不接受外国组织和势力的支配和干涉；宗教教徒作为中国公民，既有信教自由的权利，又有爱祖国的责任和义务；中国教会和宗教徒在政治上要维护国家的主权、民族的尊严，维护人民的根本利益。在宗教事务上，独立决定自己的宗教事务，与外国宗教组织平等相待和友好交往。
独立自主自办原则的实质是：中国基督教、天主教接受中国共产党的领导，拥护社会主义制度，把自己的根本利益与全国人民的根本利益一致起来，以实现真正的宗教信仰自由。虽然独立自主自办原则的提出和确定，与中国基督教、天主教有着密不可分的历史姻缘，但是随着时代的变迁，随着我国实行对外开放政策和中国教会国际交往日益增多，国际环境日益复杂，国外势力从未放弃对我国的宗教进行渗透和干涉。这个原则不仅中国基督教、天主教要继续坚持，也同样适用于包括佛教、道教、伊斯兰教等各种宗教，坚持独立自主自办的原则，已成为各种宗教都要遵循的共同原则。
坚持独立自主自办的原则，这是中国百年来历史经验的深刻总结。天主教、基督教传入我国的历史，特别是鸦片战争以来100多年的历史，是同我国遭受帝国主义的侵略，沦为半封建半殖民地的历史分不开的。在旧中国，由于反动统治阶级腐败无能，天主教和基督教被帝国主义势力所控制和利用，成为侵略中国的工具。新中国的成立，结束了帝国主义侵略中国的历史，也为中国天主教、基督教摆脱帝国主义势力的控制实行独立自主自办教会创造了条件。1950年7月，基督教界发表宣言，号召全国基督教徒割断教会与帝国主义的联系，实现“自治、自养、自传”。同年11月，天主教界爱国人士也发表宣言，号召中国天主教徒，基于爱祖国、爱人民的立场，坚决与帝国主义割断各方面的关系，建立自治、自养、自传的新教会。这两个宣言发表之后，得到了全国广大教徒和宗教界爱国人士的热烈拥护和积极响应，宗教界掀起了反帝爱国运动，在天主教、基督教中清除了帝国主义势力，割断了同外国教会的政治、经济联系，摆脱了帝国主义对中国教会的控制。使我国天主教、基督教走上了独立自主自办教会的道路，不再从属于罗马教廷和外国基督教会，而成为中国教徒独立自主自办的宗教事业。
坚持独立自主自办的原则，这是爱国宗教界人士牢牢掌握宗教领导权的基础和关键。党的十一届三中全会以后，我国宗教在坚持独立自主、完全平等和互相尊重的基础上，同许多国家的天主教、基督教界进行了友好往来，增进了相互了解，争取了更多的朋友，扩大了对外影响。但是，也应看到，梵蒂冈和一些西方国家基督教会，通过各种渠道，采取各种手段，加紧对我国进行渗透活动，这已成为国际敌对势力对我实施“西化”、“分化”的重要突破口。近年来，这种渗透和破坏活动明显增加，已成为一些地方的不安定因素。在天主教方面，罗马教廷自上世纪80年代以来，秘密委任地下主教，由这些地下主教晋升神甫并操纵一些骨干分子，建立全国性的组织，反对天主教独立自主自办教会的方针，争夺信徒群众，与天主教爱国会进行对抗，妄图夺取天主教会的领导权，使天主教重新回到罗马教廷的控制之下。近年来，梵蒂冈在继续支持天主教地下势力的同时，改变策略，提出地下地上“合一共融”，寻求地下势力转到地上公开活动的途径，梵蒂冈还加强外交攻势，通过多种渠道向我国天主教释放改善中梵关系的信号。这些活动使一些爱国神职人员的思想产生困惑，对坚持独立自主自办教会的方针产生了动摇。在基督教方面，国外教会势力加紧渗透，恢复同原教派的联系，支持原教派活动。在国外教会影响下，基督教一些教派活动有所发展，有的由隐蔽转为公开，反对坚持“三自”方针，公开与爱国宗教组织争夺群众，分裂爱国组织，制造群众之间的对立和信教群众与爱国宗教组织之间的对立，甚至组织非法活动，抗拒政府部门的依法管理。从以上情况可以看出，外国宗教势力渗透活动的核心问题，就是要我们放弃独立自主自办教会的方针，最根本的还是想重新恢复对中国宗教的控制。因此，在新的历史条件下，继续坚持独立自主自办教会仍有现实和深远的意义，如何巩固爱国反帝运动的伟大成果，坚定不移地坚持独立自主自办教会的方针，是摆在我国所有基督教、天主教人士面前的一个重要课题，我们应支持和鼓励我国宗教界继续高举爱国主义旗帜，高度警惕外国敌对势力的渗透和控制，坚定不移地按照独立自主自办教会的道路不断前进。
坚持独立自主自办的原则，这是使我国宗教与社会主义相适应的根本途径。独立自主自办的原则是中国宗教徒长期追求的目标，但在旧中国是根本无法实现的。新中国成立后，中国人民起来了，第一次为中国宗教实现独立自主自办教会和自治、自养、自传方面取得了举世瞩目的成就。在社会主义条件下，中国的宗教信徒对宗教组织和教会的掌握和控制已不存在什么障碍，符合中国信教群众需要的宗教组织，有中国特色的宗教仪式、教会合一、教职人员与义工、教友及普通教徒共同负责和管理宗教事务等民主办教制度得以逐步建立。天主教和基督教，在新中国成立后，迅速摆脱了罗马教廷和外国差会的控制，割断了与帝国主义的联系，独立自主自办教会，填平了与人民之间的鸿沟，使天主教和基督教在社会主义条件下得以新生。通过坚持独立自主自办教会和“三自”方针，使中国天主教和基督教把自己融入当代中国不断前进的进步洪流中，与国家和民族同呼吸、共命运，从而改变了中国人民对天主教和基督教的总体印象，重新塑造了天主教和基督教的外部形象。经过几十年的努力实践，中国天主教和基督教在社会主义条件下，按照自身的特点，以自己独有的方式，为国家的稳定和社会的进步做出了积极的贡献，正在走上一条健康发展的、有中国特色的道路，正处在与社会主义社会逐步适应、逐步协调的进程中。所有这些都充分说明，坚持独立自主自办教会和“三自”方针，是中国天主教、基督教顺应中国历史发展潮流的唯一出路，也是与社会主义社会相适应的根本途径。
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